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022-66387942實驗室工作中,經(jīng)常會需要用到純化的DNA,這時我們通常需要使用一個商業(yè)的DNA提取試劑盒對目的DNA進行分離純化。市面上有很多類型的提取試劑盒,當使用不太熟悉的樣本類型時,選擇合適的盒子是尤為關鍵的,應該如何選擇呢?讓我們一起來看看吧!
一、試劑盒組分
目前大多數(shù)DNA提取試劑盒遵循相同的基本步驟: 裂解,柱純化,洗滌雜質,柱洗脫。然而,不同的盒子在完成每個步驟的方式上有很大的不同。
二、使用的樣本類型
不同的DNA來源有不同的試劑盒,從實驗室培養(yǎng)的細胞,到臨床樣本,土壤樣本,甚至指紋,也有許多專門用于某些應用的試劑盒。
例如,土壤中的腐殖酸或血液中的血紅蛋白會污染純化的DNA,從而干擾下游的DNA實驗(如PCR)。當然,也有一些試劑盒會在進行純化步驟之前專門去除這些組分。
如果想從PCR或瓊脂糖凝膠中純化DNA,有許多方法可以提高瓊脂糖凝膠純化的回收率。
三、基因組 VS 質粒DNA提取
一般來說,質粒DNA分離要比基因組DNA分離溫和。這是因為針對質粒DNA的裂解步驟需要染色體DNA與細胞蛋白片段保持結合,以防止其污染最終的樣品。兩種類型的DNA回收都有試劑盒,甚至有可以同時純化基因組DNA和總RNA的試劑盒。
四、細胞系 VS 生物體
在選擇DNA提取試劑盒時,最重要的變量可能是你所使用的生物體。
1.細菌:許多試劑盒都有用于細菌DNA分離的不同成分,這些試劑盒之間的主要區(qū)別在于細胞是如何被分解的,因為有些細菌比其他細菌更更有挑戰(zhàn)性。例如,形成生物膜的細菌可能比傳統(tǒng)的基于去垢劑的方法需要更強的裂解技術。
2.動物組織:用于動物組織DNA分離的試劑盒通常具有更溫和的裂解技術,因為大多數(shù)動物細胞不像細菌細胞那樣有細胞壁。然而,動物組織DNA提取的挑戰(zhàn)往往在于選擇合適的組織勻漿方法。此外,許多動物DNA純化試劑盒不使用苯酚/氯仿萃取或乙醇作為沉淀步驟,以減少破壞DNA的風險。
3.植物:當涉及到植物DNA分離時,必須考慮到其他一些因素,需要注意污染物的去除。植物在純化過程中通常含有未分離的糖,因此,洗滌劑選擇性地與DNA結合并從溶液中析出,通常是先將洗滌劑溶解在高濃度的鹽溶液中,然后提取DNA。
4.血液:由于技術上的許多最新進展,血液DNA分離試劑盒中有多種裂解技術和提取方法可供選擇。從血液中分離出的DNA將在很大程度上決定你使用的裂解和提取的類型。無論應用是什么,一定要選擇一種能夠提供純凈、完整、雙鏈和濃縮DNA的試劑盒,以獲得最佳效果。
五、你需要多少DNA ?
大多數(shù)DNA分離試劑盒公司都提供含有類似成分的試劑盒,這種試劑盒可以根據(jù)處理樣品的體積進行縮放。如下是一個基于大腸桿菌的DNA分離試劑盒推薦樣本體積的綱要,范圍很廣。
對于特殊的應用,當涉及到培養(yǎng)物或組織樣本的數(shù)量時,選擇可能較少。
小量制備: >15 mL
中量提取: 15-25 mL
大規(guī)模制備: 100-200 mL
巨型制備: 500-2,500 mL
甚至高達2.5-5升!
六、時間成本:生產(chǎn)率的考慮
當一次處理超過50個樣本時,不再考慮使用小量柱純化,高通量DNA提取試劑盒是更好的選擇,它可以以96孔的形式運行,以便在需要同時處理多個樣本的DNA的實驗。DNA提取試劑盒有各種規(guī)格和大小,然而,共同的主線是,所選擇的試劑盒能產(chǎn)生干凈和濃縮的DNA??梢远ㄆ谠u估DNA提取物的數(shù)量和質量,以確保試劑盒適合此應用類型。
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